De vergunningsprocedure bij het Ministerie van IenW duurt maximaal 120 dagen. De vergunning is van kracht na maximaal 120 dagen.

De vergunningaanvraag voor gentherapieonderzoek moet worden ingediend bij het Ministerie van IenW (p/a Bureau GGO Genetisch Gemodificeerd Organisme  Genetisch Gemodificeerd Organisme) (1). De proceduretermijn start op het moment dat aanvraag is ontvangen. Tevens wordt een ontvangstbevestiging verstuurd. De proceduretermijn kan stopgezet worden zodra verzocht wordt aanvullende informatie beschikbaar te stellen. De termijn zal vervolgd worden zodra de gevraagde aanvullende informatie is ontvangen (2).

Binnen zeven weken moet een ontwerpbeschikking opgesteld worden (3) die na parafering door het ministerie van IenW (4), samen met het openbare deel van het dossier ter inzage wordt gelegd (5). De onderzoekers worden schriftelijk op de hoogte gebracht van de publicatie van de kennisgeving aangaande de ter inzage legging van de ontwerpbeschikking en het dossier. De kennisgeving wordt gepubliceerd in een aantal relevante nationale en regionale dagbladen. Vervolgens kunnen derden gedurende zes weken bezwaren kenbaar maken met betrekking tot de voorgenomen vergunningverlening (6). Daarnaast zal de COGEM Commissie Genetische Modificatie  Commissie Genetische Modificatie   in deze periode over de aanvraag adviseren. Na het verstrijken van de ter inzage termijn worden de ontvangen bezwaren en het COGEM advies in de beschikking verwerkt (7).

Behalve een vergunningaanvraag bij het ministerie van IenW moeten de voorgenomen werkzaamheden ook gemeld worden aan de andere lidstaten van de Europese Gemeenschap. Het hiervoor beschikbare SNIF (Summary Notification Information Format) formulier is eveneens te downloaden en dient samen met de vergunningaanvraag aangeleverd te worden bij Bureau GGO. Bureau GGO voorziet het formulier van een dossiernummer en stuurt dit door naar de Europese Commissie waarna het op het internet wordt gepubliceerd.

Niet later dan in week 17 moet de beschikking getekend worden door het ministerie van IenW (8). Nadat de vergunning verleend is wordt deze direct van kracht. Een beschrijving van voorgenomen werkzaamheden moet ingediend worden alvorens met de werkzaamheden kan worden gestart.

De beschikking en kennisgeving van de beschikking worden naar de onderzoeker gestuurd alvorens de kennisgeving gepubliceerd wordt in landelijke en regionale dagbladen (9). De beschikking ligt ter inzage gedurende een periode van zes weken. Indien bezwaren tegen de vergunning ingediend worden, zal de Raad van State de onderzoeker en het Ministerie van IenW hiervan op de hoogte stellen.

Stroomschema van de beoordelingsprocedure van IenW.